Les premières exécutions dans la forêt de Niepołomice ont eu lieu dès 1939 sur des officiers et des soldats de l’armée régulière polonaise. A partir de 1941, des prisonniers de guerre soviétiques, français et italiens y furent également exécutés. En octobre 1943, après un affrontement entre les gardes et les prisonniers du camp de Kraków Płaszów, lors duquel les Italiens ont défendu les prisonniers, une exécution massive a eu lieu, durant laquelle tous ont trouvé la mort.
La plus grande exécution a eu lieu du 10 au 15 décembre 1943 à Kozie Gorki, dans la forêt de Niepołomice ; les Allemands massacrèrent près d’un millier de personnes de Kraków, Gdów, Dobczyce, Niepołomice et Wieliczka, parmi lesquelles de nombreux moines et prêtres, des prisonniers de guerre français ainsi que des officiers et soldats italiens. Parmi les personnes assassinées se trouvaient des membres de l’intelligentsia Kraków, arrêtée et emprisonnée dans la prison de Montelupich, puis amenée dans la forêt dans la nuit pour y être exécutée. On compte notamment parmi eux Stanislaw Klimecki, maire de Kraków. Les victimes ont été forcées de creuser leur tombe avant de mourir d’une balle dans la nuque. Des pins ont été plantés sur la fosse commune pour cacher le lieu de l’exécution.
Il ne restait au lendemain de la guerre qu’une croix de bois. En 1960, un obélisque a été érigé pour commémorer cet événement tragique. On peut y lire, en polonais : « Cet endroit est tâché du sang d’environ 1000 patriotes polonais et étrangers, assassinés par les nazis en 1943. » Une trentaine de noms ont pu être identifiés () et ont été inscrits sur une plaque, dévoilée en décembre 2018. Non loin se trouve un autre monument, lui aussi très bien entretenu, à l’emplacement du charnier de la population juive abattue par les nazis les 26 et 27 août 1942. Les Allemands ont assassiné environ 700 Juifs amenés de Kraków et des villes voisines. Parmi les victimes figuraient l’ensemble du personnel de l’hôpital juif de Wieliczka.