Pierwsze egzekucje w Puszczy Niepołomickiej miały miejsce już w 1939 roku na oficerach i żołnierzach regularnej armii polskiej. Od 1941 roku stracono tam również radzieckich, francuskich i włoskich jeńców wojennych. W październiku 1943 roku, po starciu między strażnikami a więźniami obozu Kraków Płaszów, podczas którego Włosi bronili więźniów, doszło do masowej egzekucji, w trakcie której wszyscy ponieśli śmierć.
Największa egzekucja miała miejsce od 10 do 15 grudnia 1943 roku w Kozich Górkach, w Puszczy Niepołomickiej; Niemcy wymordowali blisko tysiąc osób z Krakowa, Gdowa, Dobczyc, Niepołomic i Wieliczki, wśród których było wielu zakonników i księży, francuscy jeńcy wojenni oraz włoscy oficerowie i żołnierze. Wśród zamordowanych znajdowali się członkowie inteligencji krakowskiej, aresztowani i osadzeni w więzieniu Montelupich, a następnie przywiezieni do lasu w nocy, aby tam ich stracić. Był wśród nich w szczególności Stanisław Klimecki, prezydent Krakowa. Ofiary były zmuszane do kopania własnego grobu przed śmiercią od strzału w tył głowy. Na mogile zbiorowej zasadzono sosny, aby ukryć miejsce egzekucji.
Nazajutrz po wojnie pozostał jedynie drewniany krzyż. W 1960 roku wzniesiono obelisk upamiętniający to tragiczne wydarzenie. Można na nim przeczytać po polsku: „To miejsce zbroczone jest krwią około 1000 polskich i zagranicznych patriotów, zamordowanych przez nazistów w 1943 roku.” Udało się zidentyfikować około trzydziestu nazwisk () i zostały one wpisane na tablicy, odsłoniętej w grudniu 2018 roku. Niedaleko znajduje się inny pomnik, również bardzo dobrze utrzymany, w miejscu mogiły ludności żydowskiej rozstrzelanej przez nazistów 26 i 27 sierpnia 1942 roku. Niemcy zamordowali około 700 Żydów przywiezionych z Krakowa i sąsiednich miast. Wśród ofiar znajdował się cały personel szpitala żydowskiego w Wieliczce.